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引物设计GC含量计算器

快速计算DNA引物序列的GC含量百分比,助力PCR实验的引物设计与优化。

计算面板

GC含量

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GC% = (G + C 数量 / 总碱基数量) × 100

GC含量简介

GC含量是指DNA序列中鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)的数量占总碱基数量的百分比。GC配对由三个氢键连接,而AT配对由两个氢键连接,因此GC含量直接影响DNA的稳定性和熔解温度(Tm)。

GC含量的重要性

GC含量是PCR实验中引物设计的关键参数之一,对PCR结果的特异性和效率有显著影响:

稳定性

高GC含量的DNA序列更稳定,需要更高的温度来变性和解链。

特异性

合适的GC含量有助于引物与模板的特异性结合,减少非特异性扩增。

计算公式说明

本工具采用标准公式计算GC含量:

GC% = (G + C 数量 / 总碱基数量) × 100
说明 公式中仅考虑A、T、G、C四种标准碱基,其他碱基(如N)将被忽略。

引物设计GC含量建议

为了获得最佳的PCR结果,引物的GC含量应遵循以下建议:

  • 理想范围:保持在 40%-60% 之间。
  • 避免极端值:避免GC含量低于35%或高于65%。
  • 配对平衡:正向和反向引物的GC含量差异不应超过10%。
  • 末端设计:3'端应避免连续3个以上的GC碱基。

常见问题 (FAQ)

计算器支持哪些碱基类型?

本计算器支持A、T、G、C四种标准DNA碱基。其他碱基(如N、U等)将被自动忽略。

GC含量对PCR退火温度有什么影响?

GC含量越高,DNA双链的稳定性越强,需要更高的退火温度。通常每增加1%的GC含量,Tm值大约增加0.4-0.6°C。