什么是CDS序列?
编码序列(Coding Sequence, CDS)是基因中能够被翻译成蛋白质的DNA片段。它从起始密码子(通常是ATG)开始,到终止密码子(通常是TAA、TAG或TGA)结束,不包含内含子。
CDS序列是分子生物学研究的核心对象之一,其GC含量对于基因表达调控、蛋白质稳定性以及物种进化分析都具有重要意义。
GC含量的生物学意义
GC含量是指DNA序列中鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)碱基所占的百分比。它是分子生物学中的一个重要参数,具有以下生物学意义:
GC含量高的启动子区域通常与更高的基因表达水平相关联。
不同物种的基因组GC含量存在显著差异,可用于系统进化研究。
GC含量影响mRNA的稳定性,进而影响蛋白质的合成效率。
GC含量影响DNA的熔解温度(Tm),是PCR引物设计的重要参数。
计算公式说明
本工具采用标准的GC含量计算公式,精确计算CDS序列中GC碱基的百分比:
GC% = (G的数量 + C的数量) / 总碱基数量 × 100
- 自动忽略FASTA格式的描述行和非ATCG碱基
- 不区分大小写,支持ATCG和atcg等格式
- 结果保留两位小数,确保计算精度
序列输入说明
本工具支持两种序列输入格式:
-
1. 原始序列格式
直接输入纯DNA序列,如:
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG -
2. FASTA格式
包含序列描述行(以>开头)和DNA序列,如:
>gene1_cds ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG
工具会自动过滤非ATCG的字符和空格,因此您可以直接粘贴从数据库下载的FASTA文件内容。
常见问题 (FAQ)
为什么我的序列计算结果为0%?
这可能是因为您的序列中不包含任何ATCG碱基,或者所有碱基都被过滤掉了。请检查您的序列输入是否正确,确保包含有效的ATCG核苷酸。
工具是否支持RNA序列?
本工具主要设计用于DNA的CDS序列分析。如果您需要分析RNA序列,建议将U替换为T后再进行输入。
计算结果保留几位小数?
默认情况下,计算结果保留两位小数,以确保足够的精度。您可以根据需要手动四舍五入到所需的小数位数。